អគ្គនាយកដ្ឋាននៃក្រសួងមហាផ្ទៃមានរចនាសម្ព័ន្ធដូចតទៅៈ
- នាយកដ្ឋានរដ្ឋបាលសរុប
- នាយកដ្ឋានកិច្ចការរដ្ឋបាលក្រុង ស្រុក ឃុំ សង្កាត់
- នាយកដ្ឋានកិច្ចការរដ្ឋបាលរាជធានី ខណ្ឌ និងខេត្ត
- នាយកដ្ឋានកិច្ចការសមាគមន៍និងគណបក្សនយោបាយ
- នាយកដ្ឋានបុគ្គលិក
- នាយកដ្ឋានបណ្តុះបណ្តាល
- នាយកដ្ឋានមុខងារនិងធនធាន ។