ក្រសួងមហាផ្ទៃមានរចនាសម្ព័ន្ធការងារដូចជា៖
- អគ្គលេខាធិការដ្ឋាន
- អគ្គនាយកដ្ឋានរដ្ឋបាល
- អគ្គស្នងការនគរបាលជាតិ
- អគ្គធិការរដ្ឋាន
- អគ្គនាយកដ្ឋានពន្ធធនាគារ
- អគ្គនាយកដ្ឋានអន្តោប្រវេសន៍
- អគ្គនាយកដ្ឋានអត្តសញ្ញាណកម្ម
- អគ្គនាយកដ្ឋានភស្តុភារនិងហិរញ្ញវត្ថុ
- បណ្ឌិត្យសភានរគបាលកម្ពុជា ( ថ្នាក់ស្មើអគ្គនាយកដ្ឋាន )
- អគ្គនាយកដ្ឋានសវនកម្មផ្ទៃក្នុង
- ក្រុមប្រឹក្សានីតិកម្ម ( ថ្នាក់ស្មើអគ្គនាយកដ្ឋាន ) ។