ក្រសួងពាណិជ្ជកម្មមានរចនាសម្ព័ន្ធដូចតទៅ៖
ក. អង្គភាពថ្នាក់ជាតិៈ
- ខុឧ្ទកាល័យរដ្ឋមន្ត្រី
- អគ្គនាយកដ្ឋានរដ្ឋបាលនិងហិរញ្ញវត្ថុ
- អគ្គនាយកដ្ឋានពាណិជ្ជកម្មអន្តរជាតិ
- អគ្គនាយកដ្ឋានពាណិជ្ជកម្មក្នុងប្រទេស
- អគ្គនាយកដ្ឋានសេវាពាណិជ្ជកម្ម
- អគ្គនាយកដ្ឋានជំរុញពាណិជ្ជកម្ម
- អគ្គនាយកដ្ឋានកម្ពុជាត្រួតពិនិត្យទំនិញនិរហ័ណ អារហ័ណនិងបង្រ្កាបការក្លែងបន្លំ ( កាំកុងត្រូល )
- អគ្គធិការដ្ឋាន
- នាយកដ្ឋានសវនកម្មផ្ទៃក្នុង
ខ. សហគ្រាសសាធារណៈ
គ. អង្គភាពថ្នាក់មូលដ្ឋាន
- មន្ទីរពាណិជ្ជកម្មរាជធានី ខេត្ត
- សាខាកាំកុងត្រូលរាជធានី ខេត្ត
- សាខាសមត្ថកិច្ចជំនាញរាជធានី ។