ក្រសួងការបរទេសនិងសហប្រតិបត្តិការអន្តរជាតិមានរចនាសម្ព័ន្ធដូចជា៖
ក. អង្គការរដ្ឋបាលកណ្តាល
- ឧទ្ទកាល័យរដ្ឋមន្រ្តី
- អគ្គលេខាធិការដ្ឋាន
- អគ្គនាយកដ្ឋានអាស៊ាន
- អគ្គនាយកដ្ឋានកិច្ចការច្បាប់ កុងស៊ុល និងព្រំដែន
- អគ្គនាយកដ្ឋានអាស៊ី ប៉ាស៊ីហ្វិក
- អគ្គនាយកដ្ឋានអឺរ៉ុប អាមេរិច និងអាហ្រ្វិកមជ្ឈិមបូព៌ា
- អគ្គនាយកដ្ឋានសហប្រតិបត្តិការអន្តរជាតិ
- អគ្គធិការដ្ឋាន
- វិទ្យាស្ថានជាតិទំនាក់ទំនងការទូត និងសិក្សាអន្តរជាតិ
- នាយកដ្ឋានបច្ចេកវិទ្យាមនោគមន៍ និងព័ត៌មាន
- នាយកដ្ឋានគោលនយោបាយនិងផែនការយុទ្ធសាស្រ្ត
- នាយកដ្ឋានសវនកម្មផ្ទៃក្នុង ។
ខ. ស្ថានតំណាងនៃព្រះរាជាណាចក្រកម្ពុជានៅបរទេស
- ស្ថានឯកអគ្គរាជទូតនិងស្ថានបេសកម្មអចិន្ត្រៃយ៍ប្រចាំអង្គការតំបន់ និងអង្គការអន្តរជាតិ
- ស្ថានអគ្គកុងស៊ុល និងស្ថានកុងស៊ុល
- ស្ថានកុងស៊ុលកិត្តិយស ។